Il Santuario di Sant’Antonio sorge sul luogo dell’antico quartiere “Avignone” dove Sant’Annibale Maria Di Francia, nel marzo 1878, iniziò il suo apostolato a favore dei più poveri e bisognosi.
Nel 1881, nelle casette Avignone, venne inaugurata la prima cappella dedicata al Cuore di Gesù. Dopo il terremoto del 1908, venne impiantata una chiesa-baracca, dono di San Pio X, nella quale Sant’Annibale proclamò Sant’Antonio di Padova “singolarissimo e instancabile benefattore nostro e di tutti quelli che alle nostre preghiere si raccomandano”.
Nella notte tra il 26 e il 27 aprile 1919 un misterioso incendio distrusse la chiesa-baracca. Durante l’incendio una donna del popolo gridò: “Non vi preoccupate, ora il padre Francia ne farà una tutta d’oro”.
Così il 3 aprile 1921 venne posta la prima pietra per la costruzione dell’attuale Basilica-Santuario che si inaugura il 4 aprile 1926 con il doppio titolo Tempio della Rogazione evangelica del Cuore di Gesù e Santuario di Sant’Antonio, una chiesa che per l’eleganza dei suoi stucchi dorati appare effettivamente d’oro.
Tempio della Rogazione evangelica: è la prima Chiesa nel mondo dedicata alla preghiera per le vocazioni secondo il comando di Gesù: “Pregate dunque il Signore della messe, perché mandi operai nella sua messe” (Mt 9, 37-38 e Lc 10,2).
Santuario di Sant’Antonio per la particolare devozione che Sant’Annibale ebbe verso il Santo di Padova fin dal 1887 con la istituzione e la diffusione del “Pane di Sant’Antonio”.
Padre Annibale è stato presente alla posa della prima pietra, all’inaugurazione, alla benedizione del “concerto delle otto campane” e vi ha celebrato due volte.
Il Santuario fu consacrato il 19 agosto 1937 da Mons. Pio Giardina, Vescovo ausiliare di Messina.
San Giovanni Paolo II lo ha visitato l’11 giugno 1988, durante la sua venuta a Messina per la canonizzazione di Santa Eustochia.
Il 4 aprile 2006 Benedetto XVI, in considerazione della singolarità della Chiesa dedicata alla Preghiera per le Vocazioni e del crescente afflusso di devoti e pellegrini provenienti da ogni dove, ha elevato a Basilica Minore il Tempio-Santuario.